O cisma do Ocidente, que no fim do século XIV e princípio do século XV dividiu a igreja, deixou-a mergulhada num estado de grande desorganização. Apareceram, assim, certas doutrinas religiosas, como as que propugnaram o britânico John Wycliffe e o boêmio Jan Hus, que anteciparam muitas das teses da reforma luterana. Wycliffe partia da idéia do domínio de Deus, segundo a qual todo o poder e todo o mérito vem do Senhor. Ele predestina os homens ao bem (igreja invisível) ou ao mal, portanto a igreja visível perde importância. Wycliffe não aceitava a presença real de Cristo na eucaristia e proclamava o fortalecimento do poder do rei como vigário de Deus para administrar a justiça. Foi condenado pelo Concílio de Constança, de 1414 a 1418.O hussismo constituiu tanto uma doutrina religiosa como uma insurreição política. Hus declarou-se a favor da reforma da igreja segundo Wycliffe e, ao mesmo tempo, reivindicou uma Boêmia livre. Foi condenado, também, pelo Concílio de Constança.

Séculos XVI e XVII. Depois da Reforma protestante, a Igreja Católica permaneceu fiel ao conceito de heresia e condenou como tais diversos movimentos surgidos em seu seio. Entre estes, cabe destacar o iluminismo e o quietismo, aparecidos nos séculos XVI e XVII. Ambas as tendências propugnaram ensinamentos do tipo gnóstico, que situavam os iluminados acima de toda a formalidade externa da igreja, e conseguiram adeptos na Espanha, França e Itália.

Desde meados do século XVII, primeiro nos Países Baixos e depois na França, disseminou-se o jansenismo, inspirado nas idéias do teólogo Cornelius Otto Jansen, de Louvain, que insistia na dupla predestinação, para o bem e o mal, e na absoluta incapacidade humana de decidir seu destino. Aconselhava o ascetismo e desaconselhava a eucaristia. No mesmo clima espiritual surgiu o galicanismo, impulsionado pelo absolutismo do monarca francês Luís XIV, que tentou governar a igreja de seu país sem contar com Roma, amparando-se na doutrina da supremacia do concílio sobre o papa (conciliarismo). Ambas as concepções perderam força em meados do século XVIII. Com a transformação posterior das estruturas sociais, os movimentos heréticos cederam lugar às agitações revolucionárias.

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Disputas Cristológicas entre Oriente e Ocidente
Heresia no Pensamento Contemporâneo